Matrix’in hikayesi, insanoğlunun yapay zekayı keşfetmesi ile birlikte başlıyor. Teknolojinin ilerlemesi ile birlikte insanlar, her türlü işlerini yaptırabilecekleri robotlar üretmeye başladılar. Bu robotlar inşaatlardan ev işlerine, restoranlardan hastanelere kadar birçok yerde insanlara hizmet ediyorlardı. Yapay zekaya sahip robotlar artık kendi kendilerine de yeni şeyler öğrenebiliyorlardı ve yaptıkları işin kalitesi de bu oranda yükseliyordu. İş yükleri ortadan kalktığı ve istedikleri şeylere daha fazla vakit ayırabildikleri içinde, insanlar bu durumdan oldukça memnundu. Ta ki ev hizmetçisi olan bir robot efendilerini öldürene kadar…
Bu olayı kabullenemeyen ve bir tehlike işareti olarak gören insanlar genel bir akın başlatarak aralarında yaşayan bütün robotları ortadan kaldırmaya başladı. Makinelerin büyük bir kısmı yok edilerek, toplu mezarlara veya denizlere atıldı. Kıyımdan kaçabilenler ise Afrika’da toplanarak kendi ülkelerini kurdular. Öğrenmeye ve gelişmeye devam eden makineler, burada insanların yapabildiği üretimden çok daha iyisini yaparak son derece teknolojik ve kaliteli ürünler ürettiler. Şirketlerinin hisseleri borsada rekor seviyelere tırmandı. Bu sayede makineler hem teknolojik hem de ekonomik olarak insanlardan daha üstün bir duruma gelmiş oldu.
Makinelerin gittikçe artan başarılarını kaygıyla izleyen dünya liderleri, en sonunda genel bir toplantı düzenleyerek bu konuda ne yapılabileceğini tartışmaya başladı. Bu sırada beklenmedik bir şey oldu. Toplantıya davetsiz misafir olarak katılan 2 robot, iyi niyet ve barışla geldiklerini insanlarla bir anlaşma yaparak geleceğe doğru birlikte ilerlemek istediklerini söylediler. Elçileri çabucak ortadan kaldıran komite, ülkelerin güçlerini birleştirerek makinelere karşı büyük bir savaş başlatılması kararını aldı. Söz konusu savaş insanlar açısından oldukça kanlı ve yıkıcı geçti. Zira insan vücudu savaş makinelerini kıyasla çok daha kırılgandı.
